Unit Kejuruteraan bertanggungjawab memastikan perjalanan operasi bagi Perkhidmatan Sokongan Hospital (PSH) di Hospital Balik Pulau beroperasi dengan baik dan cekap. Dibawah perkhidmatan sokongan hospital (PSH) ini, terdapat beberapa program selain kerja-kerja penyelenggaraan dan pembaikan seperti program:
1) Energy Management System
2) Reduce, Reuse, Recycle (3R)
3) Indoor Air Quality (IAQ)
Unit Kejuruteraan juga terlibat secara langsung dengan beberapa projek pembinaan di dalam Hospital Balik Pulau di bawah Unit Pembangunan Jabatan Kesihatan Negeri Pulau Pinang dan Kementerian Kesihatan Malaysia.